Després d’uns mesos de descans, la banda va tornar als estudis a

Després d’uns mesos de descans, la banda va tornar als estudis a l’agost de 2005. El nou disc va ser produït novament per Costey, i va ser titulat Black Holes and Revelations . L’àlbum va sortir al mercat europeu el 3 de juliol de 2006, encara que al Japó va ser llançat el 28 de juny, amb la pista extra Glorious . El disc és l’èxit més gran de la banda, tot i distanciar-se bastant dels seus treballs anteriors, el que va ser mal rebut per alguns crítics i seguidors. La gira va començar el 13 de maig, amb aparicions a la ràdio i a la televisió. No obstant això, la gira principal europea va començar a Baracaldo, Espanya; seguit per concerts a Madrid , Badalona i Lisboa . Seguidament va haver una recordada actuació en el Reading Festival. El 16-17 de juny de 2007, Muse va tocar un memorable concert en el renovat estadi de Wembley , amb una capacitat aproximada de 90.000 persones. Al començament d’abril van tornar de gira per Amèrica del Nord (després de recórrer Oceania i Àsia), i van visitar per primera vegada Mèxic . A EUA anar com teloners de My Chemical Romance. Al maig Muse va tornar a Europa per a actuar en festivals de la talla de Pinkpop, Rock am Ring o Rock Werchter. A més van fer més concerts en grans estadis; com el de Saint Denis, a París. A Espanya ja van tocar al Festival Internacional de Benicàssim com a caps de cartell (22 de juliol).