Marr regresó a la música en 1989 con Bernard Sumner (de New Order ) y

Marr regresó a la música en 1989 con Bernard Sumner (de New Order ) y Neil Tennant (de los Pet Shop Boys ) en el supergrupo Electronic . Electronic editó tres álbumes a lo largo de la década siguiente. Marr también fue miembro de The The , grabando dos álbumes con la banda entre 1989 y 1993. Trabajó además como sesionista y colaborador con artistas como The Pretenders , Pet Shop Boys, Billy Bragg y Black Grape . En el 2000 fundó otra banda, Johnny Marr And The Healers , que obtuvo moderado éxito, y más tarde trabajó como músico en el álbum de Oasis Heathen Chemistry . Además, ha trabajado como productor.