I 1999 slo Peterson og Whaley seg saman med gitarist MacDonald for å

I 1999 slo Peterson og Whaley seg saman med gitarist MacDonald for å ta opp att turnéverksemda som Blue Cheer. Denne bandkonfigurasjonen heldt stort sett fram med å vere konstant frå 1999 til Peterson døydde i 2009.