Em 1999, Peterson & Whaley se juntam com o guitarrista MacDonald

Em 1999, Peterson & Whaley se juntam com o guitarrista MacDonald, para sair em turnê como. Esta configuração de banda permaneceu até a morte de Peterson em 2009. Em 2000, Blue Cheer foi homenageado em um álbum tributo, Blue Explosion – A Tribute to Blue Cheer, com bandas como Pentagram , Internal Void, Hogwash e Thumlock. Peterson e Leigh Stephens se juntam mais uma vez com o baterista Prairie Prince no Chet Helms Memorial Tribal Stomp no Golden Gate Park , San Francisco em 29 de outubro de 2005, sua performance contou com velhos nomes do Rock como Paul Kantner . Eles fizeram algumas gravações na Virgínia no Inverno de 2005 com Joe Hasselvander do Raven and Pentagram na bateria, devido a Paul Whaley, optar por permanecer na Alemanha. Hasselvander em todo o álbum, mas sua contribuição foi reduzida a bateria em cinco músicas, com Paul Whaley regravando as partes de bateria restantes. Isso aconteceu porque Whaley foi definido para se juntar a banda e considerou-se que ele deveria contribuir para o álbum. O disco resultante, What Doesn’t Kill You…, lançado em 2007, como consequência con tou com contribuições de Whaley e Hasselvander. O vídeo de Summertime Blues fez uma aparição no documentário de 2005, Metal: A Headbanger’s Journey , onde Geddy Lee do Rush se refere ao grupo como uma das primeiras bandas de heavy metal .