1999 kam es zur Wiedervereinigung von Blue Cheer in der Besetzung

1999 kam es zur Wiedervereinigung von Blue Cheer in der Besetzung Peterson, Whaley, MacDonald unter dem Namen Blue Cheer, die sich bis zu Petersons Tod 2009 als relativ stabil erweisen sollte. 1998 und 1999 veröffentlichte Peterson weiterhin zwei Soloalben, die jedoch nur in Japan erhältlich waren. Zur gleichen Zeit spielte er in Deutschland gemeinsam mit Hank Davison bei Duo-Auftritten und als Teil der Hank Davison Band . 2001 und 2002 trat er weiterhin mit seinem Bruder Jerre und Tony Rainier als Mother Ocean auf, ohne in dieser Formation Veröffentlichungen hervorzubringen.