Bandet avlyste opptaksøktene på grunn av at Berry slutta. «Uten Bill

Bandet avlyste opptaksøktene på grunn av at Berry slutta. «Uten Bill ble det annerledes, forvirrende», har Mills senere sagt. «Vi visste ikke helt hva vi skulle gjøre. Vi kunne ikke øve uten en trommeslager.» De resterende medlemmene i R.E.M. startet opp arbeidet med albumet i februar 1998 i Toast Studios i San Francisco . Bandet avslutta det ti år lange samarbeidet med Scott Litt, og fikk Pat McCarthy til å produsere plata. Dagens Radiohead produsent Nigel Godrich var assisterende produsent, og fikk inn tidligere Screaming Trees -medlem Barrett Martin og turné-trommeslageren til Beck , Joey Waronker . Innspillingen var prega av spenning, og gruppa var nær oppløsning. Bertis Downs kalte inn til krisemøte der medlemmene i bandet fikk tatt opp problemene sine og avgjorde at de ville holde frem som gruppe. Etter singelen «Daysleeper», kom albumet Up (1998), som debuterte på topp 10 i både USA og Storbritannia. Likevel ble albumet relativt sett på som en fiasko, med bare 900 000 solgte eksemplarer i USA ved midten av 1999, og til slutt rett over to millioner verden over. Fordi salgstallene i USA svikta, flytta den kommersielle basisen til R.E.M. seg til Storbritannia, der det var solgt flere R.E.M.-plater per innbygger enn i noen andre land, og singlene til bandet var regelmessig på topp 20.