Bandet aflyste deres planlagte indspilning i studiet som følge af

Bandet aflyste deres planlagte indspilning i studiet som følge af Berrys afgang. “Uden Bill var det svært, forvirrende”, udtalte Mills senere, “Vi vidste ikke helt, hvad vi skulle gøre. Vi kunne ikke øve uden en trommeslager.” De tilbageværende medlemmer af R.E.M. genoptog arbejdet med deres næste album i februar 1998 i Toast Studios i San Francisco . De afsluttede deres årti-lange samarbejdet med Scott Litt og hyrede Pat McCarthy til at producere pladen. Nigel Godrich blev ansat som assisterende producer, og brugte Screaming Trees medlem Barrett Martin og Becks turne-trommeslager Joey Waronker . Indspilningerne var præget af spændinger, og gruppen var tæt ved at gå fra hinanden. Bertis Downs indkaldte til et hastemøde, hvor bandmedlemmerne fik styr på deres problemer, og de besluttede at fortsætte som gruppe. Med førstesinglen ” Daysleeper ” debuterede Up (1998) i top 10 i USA og Storbritannien. Albummet blev dog en relativ fiasko, idet det kun havde solgt 900.000 eksemplarer i USA i midten af 1999, og det endte med at sælge omkring 2 millioner eksemplarer på verdensplan. Mens R.E.M.’s salgstal i USA var for nedadgående, var gruppens kommercielle base begyndte at skifte over til Storbritannien, hvor R.E.M.’s albums solgte mere per indbygger en noget andet sted i verden, og gruppens singler ofte var at finde i Top 20.