Operation: Mindcrime II ilmestyi 31. maaliskuuta 2006 ja oli yhtyeen

Operation: Mindcrime II ilmestyi 31. maaliskuuta 2006 ja oli yhtyeen ensimmäinen julkaisu Rhino Recordsilla . Albumin tuotti Jason Slater , joka myös sävelsi suuren osan musiikista uuden kitaristin Mike Stonen kanssa. Ronnie James Dio vieraili laulajana yhdessä kappaleessa ja Pamela Moore oli mukana ensimmäistä osaa suuremmassa roolissa. Albumi nousi Billboard 200 -listan sijalle 14, joka oli yhtyeen korkein sijoitus sitten vuoden 1997. Kiertueella yhtye esitti molemmat Operation: Mindcrime -albumit kokonaisuudessaan, ja Seattlen Moore Theatressa soitetuista konserteista julkaistiin livealbumi ja -DVD Mindcrime at the Moore (2007). Vuonna 2007 Queensrÿche julkaisi myös Sign of the Times -kokoelma-albumin ja Take Cover -cover-albumin. Jälkimmäisellä yhtye versioi muun muassa U2:ta , The Policea , Black Sabbathia ja Pink Floydia .