Ezután olyan pletykákról lehetett hallani, hogy a zenészek az

Ezután olyan pletykákról lehetett hallani, hogy a zenészek az Operation: Mindcrime folytatásán dolgoznak. A zenekar ettől korábban mindig is tartózkodott, de végül 18 év után tényleg megjelent a folytatás. A lemez 2006 március 31-én látott napvilágot a Rhino Entertainment gondozásában. Az Operation: Mindcrime II zeneileg az első rész továbbgondolása több klasszikus/rockoperás elemmel. A kritika és a rajongók is igen pozitívan fogadták a lemezt, de a többség szerint nem ér fel az elődjéhez. A történet itt is Amerika társadalmi problémáit feszegeti, egyben az első rész folytatása. A történetben ismét szerepet kapott a Pamela Moore énekesnő által megszemélyesített Mary. Az első részben nem hallható Dr. X figuráját pedig Ronnie James Dio testesíti meg. Az album sikeres lett, a Billboard lista 14. helyéig jutott. A lemez kiadását követően nagyszabású önálló turnéra indultak, ahol mindkét Operation: Mindcrime anyag történetét előadták a sztori szereplőivel egyetemben. A színház jellegű rockopera előadása esténként meghaladta a 3 órát. Ennek a turnénak a keretében ismét felléptek Magyarországon a Petőfi Csarnokban . A turnéról dupla CD és DVD is kiadásra került Mindcrime at the Moore címmel. Az anyagot a Seattle-i Moore Theatre-ben rögzítették 2006. október 13-14-15-én.