Keväällä 1999 Jimmy Chamberlin liittyi takaisin bändiin ja Smashing

Keväällä 1999 Jimmy Chamberlin liittyi takaisin bändiin ja Smashing Pumpkins lähti alkuperäiskokoonpanossa minikiertueelle joka kantoi nimeä Arising-tour. Yhtye soitti 12 konserttia pienissä saleissa. Syksyllä 1999 yhtye ilmoitti, että D’arcy Wretzky on jättänyt bändin, ja hänen korvaajakseen pestattiin Hole -yhtyeessä vaikuttanut Melissa Auf Der Maur . Samalla yhtye tiedotti, että seuraava albuminsa Machina/The Machines of the God julkaisu siirtyy lähes puolella vuodella ja julkaistaan näin ollen helmikuussa 2000. Uusi albumi myi paremmin kuin Adore , mutta ei silti tuottanut toivottua tulosta. Toukokuun 23. päivä Corgan ilmoitti radiohaastattelussa, että The Smashing Pumpkins lopettaa toimintansa ja hajoaa loppuvuodesta 2000 kiertueiden päätyttyä, mutta sitä ennen julkaistaan vielä heidän viimeinen studioalbumi Machina II/The Friends & Enemies of Modern Music ilmaiseksi internetissä.