Em 1999, a banda surpreendeu os fãs por se reunir com o agora

Em 1999, a banda surpreendeu os fãs por se reunir com o agora recuperado Jimmy Chamberlin para uma breve turnê apelidada “The Arising”, que mostrava material novo e clássico. A formação não durou muito, uma vez que ao terminar de gravar Machina/The Machines of God , a banda anunciou a saída de Wretzky em setembro. A ex-baixista da Hole Melissa Auf der Maur foi recrutada para a turnê “Sacred and Profane” em apoio ao álbum e apareceu em vídeos acompanhando seu lançamento. Lançado em 2000, Machina foi inicialmente promovido como o retorno dos Pumpkins ao um rock mais tradicional, depois do mais gótico e eletrônico Adore . O álbum estreou na terceira posição da Billboard , mas rapidamente desapareceu e em 2007 tinha apenas recebido certificação ouro. O jornalista musical Jim DeRogatis, que descreveu o álbum como “um dos mais fortes de sua carreira”, notou que as vendas paralisadas de Machina em comparação com a ascensão do teen pop na época “parece uma prova concreta de que uma nova onda de jovens fãs de pop estão ignorando completamente o rock alternativo.”