I april 2006 bekræftede bandets officielle hjemmeside, at bandet var

I april 2006 bekræftede bandets officielle hjemmeside, at bandet var i gang med at indspille et nyt album. Billy Corgan og Jimmy Chamberlin var de eneste medlemmer af bandet, og de havde færdigindspillet bandets sjette album, Zeitgeist , i starten af 2007. Smashing Pumpkins spillede deres første koncert siden 2000 i Paris d. 22. maj 2007 og kickstartede en lang verdensturné ( The Zeitgeist Tour ). Koncerten afslørede, at foruden Billy Corgan og Jimmy Chamberlin bestod liveinkarnationen af Smashing Pumpkins af Jeff Schroeder (guitar), Ginger Reyes (bas) og Lisa Harriton (keyboard). Det nye album, Zeitgeist , blev udgivet i juli 2007, og der blev ligeledes udgivet to singler, ” Tarantula ” og ” That’s the Way (My Love Is) ” i forbindelse med albummet. I januar 2008 udgav bandet den akustiske ep American Gothic . I 2008 udgav bandet singlen G.L.O.W. , der blev udgivet eksklusivt i forbindelse med udgivelsen af Guitar Hero . Billy Corgan var én af de rockstjerner, man kunne vælge i spillet. I anledning af bandets 20-års jubilæum spillede bandet en række særlige koncerter ( The 20th Anniversary Tour ) i efteråret 2008 og udgav desuden dvd’en If All Goes Wrong , der indeholder koncertoptagelser og en dokumentar om bandet.