Nach einer längeren Pause, in der Keenan mit A Perfect Circle auf

Nach einer längeren Pause, in der Keenan mit A Perfect Circle auf Tournee war, begannen Tool mit den Produktionen für ihr neues Album 10,000 Days . Zwei Wochen vor der Veröffentlichung am 28. April 2006 tauchte eine illegal veröffentlichte Version in diversen Filesharing-Netzen auf. Trotz dieses Vorfalles verkaufte sich das Album in der ersten Woche 564.000 Mal und stieg im Großteil der Welt in die Top-10-Charts ein, in vielen Ländern sogar direkt auf Platz 1. Das Album wurde bei den Grammy Awards 2007 mit dem Best Recording Package (Beste Verpackung einer Aufnahme) ausgezeichnet. Die CD-Hülle ist sehr künstlerisch und außergewöhnlich von Alex Grey gestaltet worden, u. a. ist in die Hülle eine Art „Brille“ ( Stereoskop ) integriert, mit der man die Abbildungen im Booklet dreidimensional betrachten kann.