Gruppen mognade med sitt andra album Paul’s Boutique , producerat av

Gruppen mognade med sitt andra album Paul’s Boutique , producerat av Dust Brothers och Matt Dike. Albumet, som spelades in 1988, bestod av mycket samplingar och är fortfarande sett som ett av Beastie Boys bästa album, och Rolling Stone rankade det på 156:e plats på listan “500 Greatest Albums of All Time”. Det är också ansett som en milstolpe i hiphop p.g.a. dess intrikata användning av multi-lagring och samplingar. Albumet släpptes 1989 av Capitol Records. Det misslyckades att matcha säljningen av Licensed To Ill , och kom på plats 36 på Billboard Hot 100. Rolling Stone beskrev albumet som “hiphopens The Dark Side of the Moon “. Paul’s Boutique såldes i en miljon exemplar.