2000年1月、3度目の来日公演。東京・名古屋・大阪にて全4公演。同年7月、 オアシス の ダブリン 公演、また アラニス・モリセット の イスラエル 公演にそれぞれゲスト出演。10月～11月、 パール・ジャム のアメリカ・カナダツアー18公演に参加。2001年2月、南フランスの リヴィエラ でアルバム用の曲作りを開始。7月7日、 レディオヘッド のオックスフォード公演にゲスト出演。
バンドが停滞している時期にも、サマンサが モトリー・クルー の 2000年 ライブツアーに参加するなど、個別の活動は行われていた。サマンサは、このツアーで、ホール時代唯一の日本公演を果たしている。
2000年 （平成12年） 1月1日 に結成 。バンド活動を通して知り合ったギターの咲人と柩が組むことになり、咲人の知り合いのベースのNi〜ya、柩の知り合いだったボーカルのYOMIが加わり、4人が中心となって結成された。ドラムは後輩が担当していた 。バンド結成当時、メンバーのほとんどはまだ高校生で 、最初はオリジナルではなくコピーバンドだった 。その後、後輩のドラムが受験のため脱退。同年11月、所属していた別のバンドを脱退したRUKAが加入し、現行のメンバーとなる 。仙台市を拠点とし、仙台MACANA、JUNK BOXを中心に活動していたが 、RUKAの加入以降、東京へ進出するなど活動の場を広げ 、インディーズでリリースした限定デモテープ、シングルを次々と完売させた 。なお当時は現在のスタイルとは異なり、世界観を作りこむため白塗りメイクのヴィジュアル系バンドであった 。
2000年 5月23日、ビリーはラジオのインタビューにてパンプキンズの解散を発表。有終の美を飾るべく、日本を含む世界各地を回るツアーが行われた後の同年12月2日、パンプキンズはデビュー時より縁のあるシカゴの ライヴハウス で最後の公演を行い、解散した。
2000年 発表のセカンド・アルバム『100ブロークン・ウィンドウズ』からは、それまでのパンク路線から離れて独自の音楽性を追求。その成果が結実した 2002年 発表のサード・アルバム『リモート・パート』では全英3位、10万枚以上を売り上げるセールスを記録。しかし 2005年 発表のアルバム『ウォーニングズ / プロミシズ』を最後に所属していた EMI を離れ、インディーでの活動に転じる。
2000年秋から新しいアルバムのレコーディングに着手したミューズは、 シンセサイザー を積極的に取り入れる一方、 ベース にエフェクトを掛けて音を太くし、多重録音で ギター を重ねあわせることで独特の音楽性を確立。2001年に発表された2ndアルバム『 オリジン・オブ・シンメトリー 』は全英チャート3位を記録。
7月15日より、2000年発表の『 MACABRE 』を軸としたツアー「TOUR16-17 FROM DEPRESSION TO [mode of MACABRE]」を6都市10公演で開催。
2000年、『ハウディ!』発表。ポール・クインが同アルバムのドラムパートのレコーディング終了をもって脱退し、フランシス・マクドナルドが再加入。所属していた クリエイション・レコーズ が1999年に閉鎖したため、同アルバムはクリエイションの親会社であった ソニー 系列の コロムビア・レコード から発売された。 サマーソニック 00に参加。
コールドプレイは1999年11月からデビューアルバムの製作に取り組んでいた
しかし、バンドは契約を巡って、レコード会社 ユニバーサル・ミュージック と争議を起こし、遂には訴訟問題にまで発展した。再びバンドの活動は停滞する。 1999年 10月には、ベースのメリッサが、以前からファンだったという スマッシング・パンプキンズ に加入するため脱退、バンドはメンバーの補充も行わず、実質的に活動休止状態となった。