W 2002 wydali drugą w karierze składankę przebojów pt. The Best of

W 2002 wydali drugą w karierze składankę przebojów pt. The Best of 1990–2000 , na której umieścili swoje największe hity nagrane w latach 90. Album promowali singlem „ Electrical Storm ”. W 2004 wydali płytę pt. How to Dismantle an Atomic Bomb , która została utrzymana w komercyjnym poprockowym brzmieniu. W lipcu 2005 w trakcie trwania trasy koncertowej „ Vertigo Tour ” wzięli udział w koncercie charytatywnym Live 8 w londyńskim Hyde Parku , otwierając koncert utworem Beatlesów „ Sgt. Pepper’s Lonely Hearts Club Band ”, a podczas występu towarzyszył im jeden z oryginalnych Beatlesów – Paul McCartney . W tym samym roku zespół został wprowadzony do Rock and Roll Hall of Fame , stanowiącej najsłynniejszą galerię sław i muzeum rocka; mowę wprowadzającą wygłosił Bruce Springsteen . W listopadzie 2006 wydali kompilację U218 Singles zawierającą 16 najpopularniejszych utworów U2 oraz dwa nowe („ Window in the Skies ” i „ The Saints Are Coming ” – cover grupy The Skids nagrany z zespołem Green Day ). 9 grudnia 2006 koncertem w Honolulu zakończyli trasę koncertową „ Vertigo Tour ”. W 2008 premierę miał U2 3D zawierający nagrania koncertów zespołu z trasy „Vertigo Tour” w Ameryce Południowej. Film wyreżyserowali Catherine Owens (odpowiedzialna za oprawę wizualną koncertów grupy) i Mark Pellington (autor teledysku do utworu „One”).