Vuonna 1989 Warner Bros. pyysi yhtyettä aloittamaan toisen albumin

Vuonna 1989 Warner Bros. pyysi yhtyettä aloittamaan toisen albumin tekemisen. Yhtye halusi kuitenkin pitää pienen tauon pitkän Yhdysvaltain kiertueen jälkeen. Lisäksi sen jäsenet kärsivät huumeriippuvuudesta. Lopulta vuoden 1990 puolella yhtye astui levytysstudioon, missä se teki albumia viiden kuukauden ajan. Kun toinen studioalbumi Ritual de lo Habitual lopulta julkaistiin vuonna 1990, siitä tuli yhtyeen kaupallinen läpimurto, ja se sisältää ehkä yhtyeen tunnetuimmat kappaleet Been Caught Stealing ja Stop! . Albumilla on runsaasti vaikutteita psykedeelisestä ja progressiivisesta rockista esimerkiksi yli 10-minuuttisessa kappaleessa ” Three Days ”. Albumi ylsi 19. sijalle Billboard 200 -listalla. Molemmat singlet, Been Caught Stealing ja Stop! olivat listaykkösiä Alternative Songs-listalla. Ensiksi mainittu sai Grammy ehdokkuuden parhaasta rockesityksestä. Kolmas single Classic Girl oli samalla listalla 15. Tämänkin albumin kansi sensuroitiin laajalti ja yhtye pyysi Warner Brosia tekemään uuden kannen myytäväksi niihin kauppoihin, jotka kieltäytyivät myymästä albumia alkuperäisellä kannella.