V situaci bez sólového kytaristy se Pierce rozhodl, že na další, a

V situaci bez sólového kytaristy se Pierce rozhodl, že na další, a jak se později ukázalo poslední, album Lucky Jim z roku 1993 nahraje jak sólovou, tak i doprovodnou kytaru. Pierce a Romi Mori byli v té době partnery od poloviny osmdesátých let. Avšak Sanderson a Mori se postupem času sblížili, až v roce 1994 z Gun Club odešli, čímž skupina přišla o svou rytmickou sekci. Pierce v té době, podle vlastního vyjádření, již několik let nebral drogy, ale brzy po odchodu své dlouholeté přítelkyně s užíváním drog a pitím alkoholu opět začal. V roce 1994 se objevil na několika živých vystoupeních The Bad Seeds, ale celkově se držel spíše v ústraní a psal svou autobiografii. Ta se ukázala být velmi kritickou k bývalým členům skupiny. Po 10letém pobytu v Londýně se vrátil do Los Angeles a postupně si více a více oblíbil rap . Na album k poctě Toma Waitse dokonce přispěl rapovou předělávkou Waitsovy písně Pasties & a G-String. V roce 1995 vystoupil se svou novou skupinou (opět s Kidem Congo Powersem) kvůli svému selhávajícímu zdraví pouze na několika koncertech. Při návštěvě svého otce v Utahu na jaře 1996 dostal záchvat mrtvice, byl převezen do nemocnice, kde během čekání na operaci 31. března 1996 zemřel.