V roce 2000 byli Anti-Flag pozváni jako účastníci Vans Warped Tour. V

V roce 2000 byli Anti-Flag pozváni jako účastníci Vans Warped Tour. V té době se členové se seznámili s Fat Mikem z NOFX , majitelem labelu Fat Wreck Chords . Toto setkání se vyvinulo v přátelství, které Anti-Flag přivedlo k vydání dalších dvou alb na tomto labelu. V roce 2001 se Anti-Flag spřáhli s punkovým producentem Massem Giorginim a nahráli album Underground Network, vydané u Fat Wreck Chords. Vydání tohoto alba je pravděpodobně průlomem ze tmy hardcorde undergroundu do světla mainstreamových reflektorů. Album pokračuje v ukazování problémů fašismu (obzvlášť neonacistického infiltrování “hardcorové scény”) a zahraniční politiky USA. Toto album jako první obsahuje dnes už běžný booklet s eseji historiků a politických znalců. Za zmínku stojí profesor Howard Zinn. V únoru roku 2002 vydali Anti-Flag album Mobilize u A-F Records. Na albu se objevily jak nové songy, tak osm live songů z jiných alb. Po teroristických útocích z jedenáctého září Anti-Flag promluvili proti válce. V té době většina obchodů s hudbou stáhla nahrávky Anti-Flag z pultů, protože jejich hudba byla označena jako protiamerická. V roce 2003 Anti-Flag vydali album The Terror State u Fat Wreck Chords. Album se primárně zaměřovalo na kritiku Bushových administrativních manipulací při válce proti terorismu. Album opět přineslo booklet plný esejů od členů kapely a politických expertů.