Unnatural Selection (Selección Innatural) se lanzó en 1999 y Mark

Unnatural Selection (Selección Innatural) se lanzó en 1999 y Mark Simpson tomó un corto descanso. Se unió nuevamente a la banda en el 2000 para grabar un nuevo álbum, My God (Mi Dios), lanzado en mayo del 2001, donde la mayoría de las canciones fueron escritas por Mark. En ese momento, Eric A.K. había fundado una banda de country, “The A.K. Corral”. Entonces dejó la banda, desmotivado, después de pasar quince años esperando el éxito. Aunque Flotsam and Jetsam no se disgregó, hubo una larga pausa en ese momento. Encontraron un nuevo vocalista en James Rivera quien se hizo cargo de las tareas vocales en vivo. Luego, la banda sintió que nadie más que Eric A.K. podría ser su vocalista y Rivera dejó la banda poco después.