Tammikuussa 2006 Underoath meni studioon äänitämään 5

Tammikuussa 2006 Underoath meni studioon äänitämään 5. studioalbumiaan, jonka nimeksi tuli Define the Great Line . Nimi kertoo siitä, että “on vain löydettävä se linja ja elettävä elämä sen mukaan”. Yhtye oli kirjoittanut materiaalia albumia varten 2. viikkoa They’re Only Chasing Safetyn julkaisun jälkeen. Matt Goldman, joka on tuottanut Copelandia ja Norma Jeania , ja Adam Dutkiewicz , Killswitch Engagen kitaristi, nimettiin tuottajiksi. Chamberlain kertoi, että hänen laulunsa kuulostaisi albumilla vähemmän edellisen laulajan Taylorin kopioinnilta ja enemmän Chamberlainin edellisen yhtyeen tyyliltä. Sanoitukset olivat erityisen tärkeitä Chamberlainille, koska ne oli kirjotettu “asioista, jotka ovat muokanneet hänet sellaiseksi, kuin hän tänään on.” Viimeistelemätön versio albumista vuosi BitTorrent -verkkosivuille ja P2P -palveluihin kuukausia ennen julkaisua. Define the Great Linen äänitysten aikana Gillespie levytti sivuprojektin seattlelaistuottaja Aaron Sprinklen kanssa nimellä The Almost , joka kiinnitettiin sittemmin Tooth & Nailille ja julkaisi ensimmäisen levynsä Southern Weather on 3. huhtikuuta 2007. Huhtikuussa 2006 suuret levy-yhtiöt lähestyivät yhtyettä tarjouksillaan, mutta yhtye pysyi Tooth & Nail Recordsin tallissa, koska heidän mielestään suuret levy-yhtiöt “eivät tajua raskaita yhtyeitä” ja “emme juuri hyväksi sitä yritystoimintaa, jota suuret levy-yhtiöt joskus harjoittavat.” 21- huhtikuuta Underoath lensi Ruotsiin tehdäkseen yhteistyössä Popcore Filmsin kanssa musiikkivideot kappaleille “In Regards to Myself” ja “Writing on the Walls”. Viimeksi mainittu valittiin albumin pääsingleksi ja sai myöhemmin Grammy-palkintoehdokkuuden vuoden 2007 parhaasta lyhyestä musiikkivideosta. Dudley kertoi, että videot olivat “hyvin energisiä ja tarkempia kuin yksikään aiempi videomme.”