Pred kraj 1994. godine, nova postava je izdala prvi album, brutalno

Pred kraj 1994. godine, nova postava je izdala prvi album, brutalno brzi Divine Intervention . Iako se nije baš dobro prodao, zasjeo je na 8. mjesto u SAD-u i potvrdio da je thrash metal još uvijek popularan u ’90-ima. Divine Intervention donio je opet loše ocjene zbog omota na albumu tj. zbog otkinute ruke na kojoj je urezano Slayer, pa su se albumi uskoro počeli i zabranjivati. Nakon skoro dvije godine turneje, bubnjar Bostaph otišao je iz Slayera kako bi nastavio raditi na svom starom projektu The Truth About Seafood . Njegova zamjena je došla iz grupe Testament . Bubnjar John Dette nije ostao dugo u Slayeru, manje od 6 mjeseci. Bostaph se potom vratio i 1996. godine grupa je snimila novi album Undisputed Attitude koji je sadržao obrade klasičnih punk sastava kao što su Minor Threat , D.I. i GBH . Sljedeći album bio je Diabolus In Musica koji je izdan na ljeto 1998. za Columbian Records . Album je otišao visoko na svim metal ljestvicama. Sljedeći Slayerov album izašao je u 2001. godini, a nazvan je God Hates Us All . Ovim albumom Slayer je pokazao da nemaju namjeru promijeniti svoj stil. Nakon tog albuma u grupu se vraća bubnjar Lombardo. Konačno nakon dugo vremena, 2006. godine Slayer objavljuje album Christ Illusion , kojem je prethodio mini CD Eternal Pyre . Album je dobio nešto lošije kritike, ali Slayer već ima takvu reputaciju da mu to ne može naškoditi. Konačno, 2009. godine izlazi album World Painted Blood koji ponovno vraća melodičniji zvuk u nekim pjesmama a kritičari ga najviše uspoređuju sa Seasons in the Abyss . Godine 2015. izlazi Slayerov novi album, Repentless . Album je prvi album na kojem svira novi gitarist Gary Holt , koji je zamijenio Jeffa Hannemana nakon što je preminuo 2013. Kritičari su uglavnom bili zadovoljni albumom, AllMusic dao mu je četiri zvjezdice.