Po krátkém období sólového vystupování s mluveným slovem se Pierce v

Po krátkém období sólového vystupování s mluveným slovem se Pierce v roce 1986 rozhodl zformovat novou verzi skupiny. V sestavě se znovu objevil kytarista Powers, který byl v té době také členem The Bad Seeds Nicka Cavea . Tomi Mori přešla na baskytaru a Sanderson byl i nadále bubeníkem. V této sestavě nahráli Gun Club několik alb, např. Mother Juno z roku 1987. Tento úspěšný a kritikou dobře přijatý návrat produkoval Robin Guthrie z The Cocteau Twins. Po vydání alba Nicka Cavea The Good Son v roce 1990 opustil Kid Congo Powers The Bad Seeds, aby se mohl více soustředit na Gun Club. Sanderson odešel v roce 1991 po vydání minialba Divinity , aby se věnoval své vlastní skupině. Jeffrey Lee Pierce v této obě alternoval mezi sólovými akustickými vystoupeními a Gun Club, ve kterém našly uplatnění jeho ostřejší písně. V roce 1992 se svému sólovému projektu odešel věnovat Powers, zatímco Sanderson se do Gun Club opět vrátil.