Nachdem Brett Gurewitz jedoch auf dem 2000er-Album The New America

Nachdem Brett Gurewitz jedoch auf dem 2000er-Album The New America als Co-Autor des Titels Believe It wieder in Erscheinung getreten war und die Hoffnungen der Fans auf eine Wiedervereinigung mit Bad Religion geweckt worden waren, kehrte er 2001 tatsächlich wieder zurück. Einhergehend mit dem Vertragsende bei Atlantic Records kehrte Bad Religion zurück zu Gurewitz’ Plattenlabel Epitaph Records. Darüber hinaus wurde Bobby Schayer, der wegen einer Schulterverletzung nicht mehr professionell Schlagzeug spielen konnte, durch Brooks Wackerman ersetzt. Er gilt als einer der besten Punk-Drummer, spielte schon bei den Suicidal Tendencies und The Vandals und stammt aus einer bekannten Musikerfamilie; sein Bruder Chad saß bereits bei Frank Zappa am Schlagzeug. Mit dieser neuen Besetzung, mit neuer Inspiration erschien 2002 das Album The Process of Belief (Epitaph Records, 2002), das sich am 1994er Werk Stranger Than Fiction orientierte und schnellen, energiereichen und melodischen Punkrock bietet. Mit Greg Hetson, Brian Baker und Brett Gurewitz konnte Bad Religion nun auf drei Gitarristen zurückgreifen, wobei Gurewitz aufgrund der Arbeit mit seinem Label auf den meisten Tourneen nicht dabei ist. Der Nachfolger The Empire Strikes First (Epitaph Records, 2004) knüpfte musikalisch wieder am typischen Stil der Band an und thematisierte diesmal vor allem politische Ereignisse wie den Dritten Golfkrieg . Zudem erschienen im gleichen Jahr remasterte Neuauflagen der Alben von 1982 bis 1992.