Mike Elizondo, que já havia tocado baixo em When the Pawn , foi

Mike Elizondo, que já havia tocado baixo em When the Pawn , foi trazido de volta como co-produtor para regravar as faixas que havia começado com Brion e Apple. A Spin mais tarde relatou que “Os fãs erroneamente pensaram que a gravadora de Apple, Epic , havia rejeitado o primeiro versão de Extraordinary Machine e protestaram do lado de fora da sede da Epic no início de 2005; na realidade, de acordo com Elizondo, Apple estava descontente com os resultados e foi sua a decisão de refazer o disco, não da sua gravadora.” Em agosto de 2005, o álbum recebeu uma data de lançamento para outubro. A produção foi na maioria refeita “do zero” por Elizondo e foi co-produzida por Brian Kehew. Duas das 11 faixas vazadas anteriores foram relativamente inalteradas e uma nova música também foi incluída. Apesar das insinuações de que o álbum causou uma rixa entre Brion e Apple, eles regularmente se apresentam juntos no Largo, uma casa noturna em Los Angeles , inclusive em um show conjunto com Elizondo no baixo pouco antes da notícia de um lançamento oficial. Extraordinary Machine estreou no número sete e foi indicado ao Grammy de “Melhor Álbum Vocal Pop”. Acabou sendo certificado ouro, embora os seus singles (“Parting Gift”, “O’ Sailor”, “Not About Love” e “Get Him Back”) não tenham entrado em nenhuma parada da Billboard . Apple fez uma turnê para promover o álbum no final de 2005. A partir de meados dos anos 2000, Apple namorou o escritor e criador de televisão Jonathan Ames.