Martin fikk en demotape av Mike Pattons band Mr. Bungle etter en

Martin fikk en demotape av Mike Pattons band Mr. Bungle etter en Faith No More-konsert. Etter at Mosley ble sparket, ble Patton kontaktet av Martin for å høre om han ønsket å overta som vokalist etter Mosley. Patton fikk ferdig musikk i hendene med beskjed om å skrive tekst og spille inn vokal. Dette gjorde han på to uker. I 1989 ble albumet The Real Thing utgitt. Albumet ble nominert til Grammy i 1989 og sangen «Epic» ble nominert i 1990. I 1991 ble bandets eneste konsertalbum Live at the Brixton Academy utgitt. Albumet ble, som tittelen antyder, innspilt i Brixton Academy i London . Konserten ble utgitt på VHS under tittelen You Fat Bastards: Live at the Brixton Academy , og sammen med Who Cares a Lot? The Greatest Videos på DVD i 2006. I 1991 opptrådte Martin i filmen Bill & Ted’s Bogus Journey som «Sir James Martin», overhode av «Faith No More Spiritual and Theological Center». Bandet bidro med sangen «The Perfect Crime» på filmens soundtrack .