Jejich další album The Empire Strike First , vydané v roce 2004

Jejich další album The Empire Strike First , vydané v roce 2004 , bylo silně zaměřené proti politice prezidenta George W. Bushe , zejména proti válce v Iráku . Naštvanost na Bushovu administrativu se promítla i do zvuku alba. Gurewitz uvedl, že ačkoliv byl se zvukem předchozího alba spokojen, chtěl, aby The Empire Strike First znělo tvrději. Na pozici zvukového inženýra přizval Joea Barresiho , který měl za sebou spolupráci s kapelami jako Queens of the Stone Age a The Jesus Lizard . Výsledkem byla tvrdší a rychlejší nahrávka. Na albu hostovali Sage Francis , který doplnil píseň Let Them Eat War o rapovou pasáž, a Mike Campbell ze skupiny Tom Petty and the Heartbreakers , který nahrál kytarové sólo v písni Los Angeles Is Burning . Na dvou písních se autorsky podílel Chris Wollard , frontman skupiny Hot Water Music . Turné na podporu desky bylo kulminovalo v listopadu 2004 dvojicí koncertů v divadle Hollywood Palladium v Hollywoodu . Záznam vyšel v březnu 2006 na DVD Live at the Palladium , a kromě vystoupení obsahoval též rozhovory s členy kapely, fotogalerii a několik videoklipů. Během kampaně k volbám prezidenta USA v roce 2004 se Bad Religion přidali ke kampani Punkvoter , která měla přesvědčit mladé voliče, aby volili proti Bushovi, a přispěli na obě kompilace Rock Against Bush .