Godine 2005. godine dolazi do novih promjena i Hunolt napušta Exodus

Godine 2005. godine dolazi do novih promjena i Hunolt napušta Exodus kako bi se mogao posvetiti obiteljskom životu. Njega zamjenjuje Lee Altus, nekadašnji gitarist thrash sastava Heathen . Tom Hunting također napušta sastav zbog nesuglasica oko pojedinih Holt-ovih anti-kršćanskih tekstova pjesama. Huntinga zamjenjuje Paul Bostaph , nekadašnji bubnjar Forbiddena , Slayera i Testamenta . Souza također napušta sastav iste godine i njega zamjenjuje Steev Esquivel, koga ubrzo zamjenjuje Rob Dukes s kojim Exodus izdaje novi studijski album Shovel Headed Kill Machine , kojeg je popratila velika turneja po gotovo svim kontinentima. Tom Hunting se vraća u Exodus 2007. godine.