Godine 1997. sastav se vratio u rodni New York te snimio novi album

Godine 1997. sastav se vratio u rodni New York te snimio novi album Hello Nasty . Iz ekipe je otišao DJ Hurricane, a novi DJ je postao Mix Master Mike. Hello Nasty (izašao 1998.) je Beastie Boysima donio dvije Grammy nagrade: nagradu za najbolji alternativni album i nagradu za najbolju rap pjesmu rap dua ili grupe, te dvije MTV Video Music nagrade. Godine 2000. Beastie Boys su planirali Rhyme and Reason turneju s Rage Against The Machine , no turneja je otkazana nakon što je Mike D doživio ozljedu u biciklističkoj nezgodi. Kad je dovršio rehabilitaciju, Rage Against The Machine se već razišao.