En 2006, Johnny Marr (anteriormente en The Smiths ) uniuse á banda

En 2006, Johnny Marr (anteriormente en The Smiths ) uniuse á banda despois de que Gallucci marchase de xeito amigable. Modest Mouse publicou o seu novo álbum, We Were Dead Before the Ship Even Sank , o 20 de marzo de 2007, despois de que a data orixinal de lanzamento, 19 de decembro de 2006, fose atrasada. O álbum tamén incluía a canción extra e sinxelo “King Rat”, que o actor australiano Heath Ledger coñecía dende antes de que fose lanzada; a banda foi formlmente presentada polo actor durante a súa xira do 2007 en Australia. Ledger propuxo unha idea ao grupo para un vídeo musical, e, xunto co seu colectivo The Masses, comezou a traballar inmediatamente nel cando tivo a aprobación do grupo. Tras morte de Ledger en xaneiro de 2008, o vídeo quedou sen rematar.