Em 2001, a compilação Rotten Apples foi lançada. A versão de dois

Em 2001, a compilação Rotten Apples foi lançada. A versão de dois discos do álbum, lançada em edição limitada, incluía uma coleção de lados-B/raridades chamada Judas Ø . O DVD Greatest Hits Video Collection também foi lançado ao mesmo tempo, que compilava todos os vídeos promocionais desde Gish até Machina junto com material não previamente lançado. Vieuphoria foi lançado em DVD em 2002, assim como o álbum da trilha sonora Earphoria , previamente lançada apenas para estações de rádio em 1994.