El febrer de 2002, Anti-Flag va llançar l’àlbum Mobilize amb AF

El febrer de 2002, Anti-Flag va llançar l’àlbum Mobilize amb AF Records. L’àlbum va incloure vuit temes d’estudi nous, així com vuit temes en directe de cançons d’altres àlbums. Arran dels atemptats terroristes de l’11 de setembre als Estats Units, Anti-Flag es va pronunciar en contra de la guerra amb el tema principal de l’àlbum, “911 for Peace”. Durant aquest temps, moltes botigues de música van treure els discos d’Anti-Flag de les seves prestatgeries, ja que la seva música va ser etiquetada com a “antiamericana”. El 2003, Anti-Flag va llançar l’àlbum The Terror State amb Fat Wreck Chords , que es va centrar principalment a criticar les accions de l’Administració Bush pel que fa a la Guerra contra el Terrorisme . Com abans, a l’àlbum es va incloure un llibret ple d’assajos de la banda i d’altres comentaristes polítics. L’àlbum també contenia una cançó anomenada “Post-War Breakout”, la lletra de la qual va ser escrita originalment per Woody Guthrie . La música de la cançó va ser composta pels membres d’Anti-Flag, ja que Guthrie mai havia definit els arranjaments en paper.