Efter opløsningen af bandet blev der udgivet en Greatest Hits-plade

Efter opløsningen af bandet blev der udgivet en Greatest Hits-plade med titlen Rotten Apples i 2001, samt en dvd med bandets musikvideoer. Billy Corgan og Jimmy Chamberlin gik sammen og dannede en nyt band, Zwan , og begyndte at spille koncerter med deres nye band i november 2001. Zwans debutalbum, Mary Star of the Sea , blev udgivet i januar 2003. Efter Zwans verdensturné i sommeren 2003 opløste Corgan også dette band. James Iha spillede guitar i det alternative rockband A Perfect Circle en periode, mens Melissa Auf der Maur udgav sit første soloalbum. Billy Corgan udgav sin første poesibog, Blinking with Fists , i oktober 2004, og han udgav sit første soloalbum, TheFutureEmbrace , i juni 2005. Jimmy Chamberlin begyndte ligeledes en solokarriere. Hans band, Jimmy Chamberlin Complex , udgav det første album, Life Begins Again , i januar 2005. På udgivelsesdatoen for Billy Corgans soloalbum, 21. juni 2005, indsatte Billy Corgan en reklame i en amerikansk avis, hvor han gjorde udtryk for, at han ville give nyt liv til Smashing Pumpkins. I september 2005 bekræftede Jimmy Chamberlin, at han også ville være en del af gendannelsen.