1999 -re a duó már a második albumának munkálataiban volt elmerülve

1999 -re a duó már a második albumának munkálataiban volt elmerülve. A 2001 -es Discovery eltért az előző albumuk, a Homework hangzásvilágától, mivel a késői hetvenes, korai nyolcvanas évekre jellemző hangzás erős használata jellemzi a lemezt. Angliában második lett a toplistán (2,7 millió példány fogyott belőle világszerte), a 2000 novemberében kiadott One More Time című kislemez maxija pedig hatalmas sikernek örvendett a szórakozóhelyeken. Ugyanezt érték el a Digital Love és a Harder, Better, Faster, Stronger kislemezei is. 2003-ban Leiji Matsumoto segítségével megalkották az Interstella 5555: The 5tory of the 5ecret 5tar 5ystem című animációs filmet.