1987 kam die Band in der Besetzung mit Greg Graffin, Brett Gurewitz

1987 kam die Band in der Besetzung mit Greg Graffin, Brett Gurewitz, Greg Hetson (Gitarre), Jay Bentley und Pete Finestone (Schlagzeug) wieder zusammen, um ein neues Album aufzunehmen. Diese Platte, Suffer (Epitaph Records, 1988), bot etwas Neues im Punkrock-Bereich: schnelle, aber sehr melodische Songs mit den fortan für die Band typischen mehrstimmigen Gesängen und Hintergrundchören sowie vereinzelten abrupten Rhythmuswechseln. Hinzu kam das gestenreiche Auftreten sowie der klare Gesang Graffins, der durch exakte Aussprache und Metrik gekennzeichnet ist. Auch inhaltlich fand die Band zu ihrem distanziert kommentierenden Stil, der geprägt war von einer akademisch, philosophisch und literarisch beeinflussten Weltsicht und inspiriert von politischen und wissenschaftlichen Publizisten wie Noam Chomsky , Edward O. Wilson und Richard Dawkins , und sich so von den Stereotypen des Punkrocks abhob. Suffer gilt bis heute für viele als eines der besten Punkalben überhaupt und war stilprägend für den melodischen Punk-Rock . Schnell machte sich Bad Religion durch ihre energiegeladenen und publikumsnahen Konzerte einen Namen, und noch heute geht die Band zu jeder neuen Veröffentlichung regelmäßig weltweit auf Tournee. Die Tour zum Suffer -Album führte 1989 erstmals nach Deutschland. Die anschließenden Alben No Control (Epitaph Records, 1989), dem in begrenzter Stückzahl eine Neuauflage der ersten EP beigelegt wurde, und Against the Grain (Epitaph Records, 1990) knüpften an den Stil von Suffer an.