Der Rechtsstreit wurde im Mai 2013 beigelegt.
Am 11. Januar 2012 verklagten Lou Reed und John Cale die Andy-Warhol-Stiftung ( Andy Warhol Foundation for Visual Arts ), weil sie die Cover-Banane des Debütalbums auf ihren Merchandise -Produkten verwendete, und forderten die bisherigen Gewinne der Stiftung ein.
Zuletzt traten Reed, Cale und Tucker am 17. Januar 1996 anlässlich ihrer Aufnahme in die Rock and Roll Hall of Fame auf. Dem im Vorjahr verstorbenen Sterling Morrison widmeten sie das Stück Last Night I Said Goodbye To My Friend .
Das Symbol war 1995 im Booklet einer CD-Kollektion als Markenzeichen der Band gekennzeichnet.
Das letzte Konzert unter dem Namen The Velvet Underground gab die Band im Juli 1993 als Vorgruppe von U2 . Ein Livealbum, aufgenommen während dieser Tour, wurde später als Live MCMXCIII veröffentlicht.
1992 kam es zu einer kurzfristigen Wiedervereinigung von The Velvet Underground in der „klassischen“ Besetzung, die zu diesem Anlass erstmals seit ihrer Gründung durch Europa tourte; allerdings hatte diese Reunion nicht lange Bestand.
Im Jahr 1991 nahmen Reed, Cale, Morrison und Tucker für Maureen Tuckers Soloalbum I Spent a Week There the Other Night erstmals seit 1968 gemeinsam neues Studiomaterial auf, beim Stück I’m Not sind alle vier Musiker zu hören. Das Stück sollte ihre letzte Studiozusammenarbeit bleiben.
Am 15. Juni 1990 kam es zu einem spontanen Auftritt anlässlich einer Andy-Warhol-Ausstellung in Jouy-en-Josas bei Paris ; mit den herumliegenden Instrumenten einer anderen Band spielten Reed, Cale, Morrison und Tucker das Lied Heroin . Aufnahmen dieses Auftritts wurden später auf Bootlegs veröffentlicht.
Bei der letzten Aufführung am 3. Dezember 1989 übernahm Maureen Tucker bei dem Lied Pale Blue Eyes das Schlagzeug.
1989 spielten Lou Reed und John Cale den Liedzyklus Songs for Drella zum Gedenken an ihren zwei Jahre zuvor verstorbenen früheren Mentor Andy Warhol ein.