1999年に ジョン・レッキー のプロデュースでデビュー・アルバム『 ショウビズ 』を制作。作風の類似性からレッキーが過去に手がけた レディオヘッド と比較される一方で、 全英アルバムチャート で29位を記録。 NMEアワーズ の新人賞を受賞した。
1999年 、ビリーはジミーと連絡をとり、バンドに復帰させる。 2000年 には『 マシーナ/ザ・マシーンズ・オブ・ゴッド 』が発表されるが、アルバムの完成と同時にダーシーが脱退。急遽、後任のベーシストとして元 ホール の メリッサ・オフ・ダ・マー を迎えることになった。
1998年 に発売されたアルバム『 アドア 』は正式なドラマーの不在のもとで制作され、音楽的にもギターを中心としたサウンドから 打ち込み を駆使したサウンドへと変貌を遂げた。しかし、アメリカ国内では前作ほどセールスが伸びず、商業的には失敗作とみなされる結果となった。
リーとムーディーを中心に 『Evanescence EP』（1998年）、『Sound Asleep EP / Whisper EP』（1999年）を Big Wig Entertainment より、リリース。この内、共作第2作目「Understanding」が地元ラジオ局でチャート・インするという幸運に恵まれる。しかし、この時は他にバンドメンバーもおらず、ライブなどの活動を満足に行えずにいた。続いて2000年に、キーボーディストとして デイヴィッド・ホッジス を迎えて3人となった彼らは『Origin』を発表する。
以後、数年は ロンドン や マンチェスター でライブ活動を行う。1998年、マネジメント企業に誘われて行った ニューヨーク と ロサンゼルス での小さなギグを経て、 インディレーベル からEPを2作発表するとイギリスのインディーズ音楽プレスに注目され、 ワーナー・ミュージック・グループ 傘下のマヴェリックと契約 。
1997年、オリジナル・メンバーによるラインナップで再結成し、19年ぶりに復帰。 オズフェスト のヘッドライナーをはじめ欧米各地では大歓迎を持って迎えられた。1998年にライヴ盤『REUNION』を発表。
さらに、続く2枚組の大作アルバム『 メロンコリーそして終りのない悲しみ 』（ 1995年 ）は米国のみで1000万枚近くのセールスを記録。 グラミー賞 では7部門にノミネートされ、『 タイム 』誌の年間ベストアルバムに選ばれるなど、音楽的にも高い評価を得る。しかし 1996年 7月、ツアー中の ニューヨーク 市において ヘロイン による 薬物中毒 によりサポートメンバーのジョナサン・メルビンが死亡、同室で薬物を摂取していたジミーが逮捕される事件が起きてしまう。バンドは苦渋の決断の末、ジミーを解雇する。
マシュー・ベラミー 、 ドミニク・ハワード が学生時代に デヴォン州 ティンマス （ 英語版 ） でバンドを結成し、バンドからベーシストが脱退 。同じリハーサルスタジオで別のバンドのドラマーとして活動していた クリス・ウォルステンホルム にベーシストとしての加入を説得し、バンド「The Rocket Baby Dolls」を結成 。1994年に ミューズ （ 英 : Muse ）に改名して本格的に活動を開始する 。
パンプキンズのデビューアルバムが発売された1991年は、ちょうど ニルヴァーナ 『 ネヴァーマインド 』が発表され、 グランジ ブームを巻き起こしていた年でもあった。当時、パンプキンズは数多あるオルタナティヴ・バンドの一つにすぎないとみなされており、バンドの中心であるビリーは「次のアルバムで成功しなければ、その次はない」と考えるようになっていた。このようなプレッシャーの中で、2作目のアルバム『 サイアミーズ・ドリーム 』（ 1993年 ）は制作された。代表曲のひとつ「トゥデイ」を収録した同作は聴衆と評論家の双方に受け入れられ、プラチナに認定されるなど商業的にも成功した。
1990年、突然ライヴツアーからの引退を宣言し、アルバム『 NO MORE TEARS 』を1991年にリリース。セールスはソロキャリアの中で最高を記録した。しかし1995年に『OZZMOSIS』を発表してライヴツアーを開始し、引退を撤回した。