フロントマンのロディ・ウォンブルは、近年バンド活動とは別にスコティッシュ・フォーク路線のソロ活動を行っており、 2006年 にファースト・アルバム『My Secret Is My Silence』、 2008年 にクリス・ドレヴァーとジョン・マッカスカーとのコラボレート作品『Before the Ruin』、 2011年 にはセカンド・ソロ・アルバム『The Impossible Song & Other Songs』など、アルバムを定期的に発表しながらソロ・アーティストとしても評価を固めている。
2006年 4月20日、オフィシャルサイトにて活動再開を発表。ビリーとジミーの二人以外のメンバーは明らかにならなかったが、アルバムを制作中であることが伝えられた。翌年4月、ジェームスとメリッサは再結成に参加する意思がないことを公表。
さらに 2006年 に、前年からソロ活動を始めていた シャーロット が突如脱退し、再び結成時の3ピースに戻るという事態に直面する(実際は、ソロ活動とアッシュの活動を並行させることの折り合いがつかなくなった彼女への、他のメンバーからの脱退勧告であった。現在のところ、声明では脱退後も彼女とメンバーとの関係は良好であると説明されている)。 加えてレーベルとの契約問題やティムの婚約解消などといったネガティブな出来事が降りかかり、バンドは混乱状態に陥る。そんな辛い経験を経て、「大人になり、理想やロマンチックな気持ちだけでは物事を見られなくなった」という想いを込めたニュー・アルバムの製作が進められた。
2006年 に、自ら監督を務めてポリスを描いた映画 Everyone Stares: The Police Inside Out を サンダンス映画祭 に出品した。
また 2006年 には、ベストアルバム『 レガシー：ザ・ベスト・オブ・マンサン 』を発売。
次兄 イアン （1949年〜2006年）は、ポリス、 シンプル・マインズ 、 ザ・キュアー 、 B-52′ 、 ゴーゴーズ 、 ナイン・インチ・ネイルズ 、 R.E.M. などのブッキング・エージェンシーを務めた 。2006年に56歳で病没。
2006年 、映画『オースティン・パワーズ』シリーズでも共演した スザンナ・ホフス との連名で、カヴァー・アルバム『アンダー・ザ・カヴァーズ Vol. 1』発表。 ビートルズ 、 ニール・ヤング 、 ラヴ 、 ヴェルヴェット・アンダーグラウンド 、 ゾンビーズ 、 ママス&パパス 等の楽曲を取り上げた。
2006年 、ジェイ・Z feat. リンキン・パークのコラボレーションアルバム『ナム/アンコール』で第48回グラミー賞の最優秀ラップ/ ソング・コラボレーション部門を受賞 。開会式で ポール・マッカートニー 、ジェイ・Zと共に『ナム/アンコール』『 イエスタデイ 』を披露した。同年 サマーソニック06 のヘッドライナーとして来日。新曲『QWERTY』を披露し、その前日に単独公演も行った。『ナム/アンコール』は映画『 マイアミ・バイス 』で使用された。
2006年には、モリッシー自身にもある音楽イベント主催者から巨額を提示され、再結成ライブを行うオファーがあった。彼は「金の問題ではない」と断ったことを明かし、「素晴らしい旅は終わったんだ。僕は続けたかったが（マーは）終わらせたかったんだ」と述べている 。
2006年には4thアルバム『 ブラック・ホールズ・アンド・レヴァレイションズ 』を発表。先行シングルの「スーパー・マッシヴ・ブラックホール」は ダンス 色を帯び、 イラク戦争 など初めて政治的なテーマにも触れるなど、メンバー自らが「過去の作品に比べて異色」と語る幅広い内容に仕上がった 。初登場全英1位を記録。同年、 レディング&リーズ・フェスティバル にヘッドライナーとして出演し、 メタリカ 、レディオヘッド、 コールドプレイ らを抑えてUKフェスティヴァル・アワード最優秀ヘッドライン・アクトを受賞。また、 サマーソニック にも6年ぶりに参加した 。