El álbum vendió relativamente poco en Estados Unidos, en donde no

El álbum vendió relativamente poco en Estados Unidos, en donde no llegó a superar el puesto número 10 en la lista de Billboard . En el Reino Unido alcanzaría el puesto número 2 de sus listas, solo frenado ante el número 1 conseguido por Revolver de The Beatles . Pet Sounds marcó el inicio de la etapa experimental del grupo. ​ Los sencillos extraídos del álbum, al contrario que este, sí que llegaron a ser muy comerciales: « Sloop John B » alcanzó en subir al puesto número 3 en Estados Unidos y al puesto número 2 en el Reino Unido; « Wouldn’t It Be Nice » logró subir al puesto número 8 en los Estados Unidos, mientras que « God Only Knows », que había sido publicado en el Reino Unido como lado A, alcanzó en llegar al puesto número 2 de las listas británicas. ​ Las canciones « Here Today » y « Let’s Go Away for Awhile », provenientes igualmente de Pet Sounds , aparecieron como lados B de sus respectivos sencillos. En el Reino Unido, The Beach Boys fueron proclamados en 1966 por el New Musical Express como el mejor grupo del mundo, y la revista Mojo publicó en 1995 que Pet Sounds era «el mejor trabajo musical de todos los tiempos». ​ ​ En la encuesta realizada a finales de 1966 por el New Musical Express , la banda venció a The Beatles en la categoría de mejor grupo vocal del mundo, ​ con 5373 votos contra 5272. ​