Su próximo álbum, Wherever You Are , debutó en el Billboard 200 en el

Su próximo álbum, Wherever You Are , debutó en el Billboard 200 en el puesto 8. ​ La banda también recibió su tercer Grammy . Este éxito precedió al 2006, año en el que lanzarían Christmas Offerings , un álbum especial de Navidad; y al 2007, con un álbum de compilación de sus éxitos que llevó el título de Chronology . Su siguiente álbum de estudio se tituló Revelation y fue lanzado el 29 de julio de 2008. Poco antes, en febrero de 2008, Third Day emitió un comunicado anunciado la salida de Brad Avery de la banda tras 13 años y alrededor de 1000 conciertos realizados. ​ Según el comunicado oficial, Avery dejó la banda para continuar con sus propios proyectos. Third Day no buscaría reemplazo y continuaría como cuarteto.