Nel 1995 , la nuova formazione pubblica l’album University

Nel 1995 , la nuova formazione pubblica l’album University , registrato a New Orleans , dal quale venne estratto il singolo Bright Yellow Gun che ottiene un certo successo attirando l’attenzione della critica. Segue nel 1996 un altro album, Limbo , ma poco dopo il gruppo si scioglie e la Hersh si dedica alla carriera solista. , pubblicando una serie di album e di EP che vengono bene accolti. Nonostante ciò, il suo coinvolgimento nei Throwing Muses rimane elevato; la band infatti incide nuove versioni di molte delle prime canzoni, che verranno inserite nel doppio CD In a Doghouse , che comprende il primo album di debutto, l’EP Chains Changed e le Doghouse Cassette . Il gruppo si riunisce per suonare all’evento speciale Gut Pagent nel 2000 e nel 2001 , e pubblica un nuovo album nel 2003 intitolato Throwing Muses . Tanya Donelly compare nuovamente assieme ai Throwing Muses durante la performance del 2000 al Gut Pagent , cantando inoltre in molte delle tracce del nuovo album. Il gruppo esegue un breve tour negli Stati Uniti e in Europa nel 2003 così da far conoscere l’album, con la Donelly che suona la chitarra e canta in un paio di date. Nel 2005 e nel 2006 la band suona in numerosi spettacoli in Nord America ed Europa.