Mercer bắt đầu thu âm bản thu âm thứ ba của ban nhạc vào cuối năm

Mercer bắt đầu thu âm bản thu âm thứ ba của ban nhạc vào cuối năm 2005, sử dụng các ý tưởng và các đoạn riff thu thập được trong các chuyến lưu diễn khác nhau của ban nhạc. Đau khổ vì chứng mất ngủ, anh thường thức dậy vào giữa đêm và cùng nhau hát những bài hát trong phòng thu tại nhà cho đến khi bình minh. Đối với album thứ ba, lần đầu tiên nhóm chuyển sang một nhà sản xuất bên ngoài: Joe Chiccarelli, người sản xuất Frank Zappa . Lấy cảm hứng chủ yếu bởi một cuộc chia tay đau đớn và sự thành công mới tìm ra của nhóm, album ban đầu được phát hành vào mùa hè năm 2006. Nó sau đó đã bị trì hoãn, và cuối cùng được phát hành vào tháng 1 năm 2007. Wincing the Night Away đại diện cho một bước nhảy lớn của Shins về thành công thương mại: album đạt vị trí thứ hai (so với đỉnh 86 của người tiền nhiệm), lập kỷ lục cho Sub Pop. Nó đã bán được hơn 100.000 bản trong tuần lễ khai trương và được đề cử giải Grammy cho Album thay thế hay nhất. Sau thành công của album, The Shins đã để lại nhãn hiệu lâu năm của họ, Sub Pop , cho nhãn hiệu riêng của Mercer, Aural Apothecary.