Durant la dècada dels 2000 , In the Aeroplane Over the Sea va guanyar

Durant la dècada dels 2000 , In the Aeroplane Over the Sea va guanyar un seguiment de culte força important, en gran part gràcies a Internet , de manera que l’àlbum va guanyar popularitat, tenint força ventes (més de 393.000 avui dia) i rebent reevaluacions per part de la crítica, que va augmentar la puntuació que li havia donat prèviament fins a considerar-lo, en general, pràcticament perfecte, tot i que no tota la crítica el va rebre positivament. Durant aquests anys el líder del grup, Mangum, va romandre una mica aïllat, dedicant-se sobretot a la espiritualitat i a viatjar, i també va viure en un monestir durant un temps. Neutral Milk Hotel no va publicar res ni va sortir de gira.