2005年 に発売した3rdアルバム「アリゲーター」は評論家に絶賛され、続く 2007年 リリースの4thアルバム「ボクサー」は全米68位を記録した。その後、 ベガーズ・グループ の再編に伴い 4AD に移籍。 2010年 にリリースされた5thアルバム「ハイ・ヴァイオレット」は全米3位、全英5位を記録しブレイクを果たした。
2005年 後期から 2006年 初期にかけて、ハーン（ジャニタ・ハーン・モリス）、シャックロック、パンション、ヒューイットが集まって、 ナッシュビル でレコーディングをした 。スペヴォックも ロンドン でドラムを別録し、アルバムは 2006年 9月に完成した 。
2005年
2005年 2月、5thアルバム『 プッシング・ザ・センシズ (Pushing The Senses)』をリリースする。このアルバムから、ジョン死去後にサポートのドラマーとして協力していたマーク・リチャードソンが正式メンバーとなった。 同年には3度目となるフジ・ロック・フェスティバルへ出演し、タカが NHK の番組「 トップランナー 」に出演した。
2005年 6月21日にビリーは、 シカゴ・トリビューン 紙の全面広告で、パンプキンズの再結成と活動再開を計画していることを発表した。
2005年 には親交のある アジアン・カンフー・ジェネレーション の主催する NANO-MUGEN FES. に出演。
そして2005年と2006年のグラミー賞では、本作とその収録曲がノミネートされた8部門をすべて受賞した。「ヴァーティゴ」が3部門を制したのに続き、2006年には「サムタイムズ・ユー・キャント・メイク・イット・オン・ユア・オウン」が「最優秀楽曲賞」を、「 シティ・オブ・ブラインディング・ライツ 」が「最優秀ロック・ソング」を獲得し、アルバム本体も「最優秀アルバム賞」と「最優秀ロック・アルバム」を受賞した。結果として本作は、U2にとって前作に続く2作連続の「最優秀アルバム賞」受賞作となった 。
2005年 8月 、アルバムの発売日を 10月 とする発表がなされた 。製作は（ ドクター・ドレー 等の ヒップホップ ・アーティストとの仕事で知られ、フィオナ・アップルの前作『真実』でも ベース として参加していた） マイク・エリゾンド によって引き継がれ、 エレクトロニカ の実験的アーティストであるブライアン・ケヒューも関わっていた。スピン誌はこう伝えている「ファンはアップルがレコード会社の Epic に『エクストラオーディナリー・マシーン』の最初のバージョンを却下されたと勘違いして2005年初頭に本社の前で抗議活動をしたが…エリゾンドによれば実際には、レコード会社のせいではなく、結果に満足しなかったアップルが自分でやり直しを決定したのだ」 。アルバムには流出した11曲のうち2曲を除いて、9曲が完全に再製作され、さらに新曲も1つ含まれていた。マイク・エリゾンドは「全部スクラッチからやり直したよ」と語っている。
2005年 、 アバンギャルド ギタリスト David Fiuczynski と新しいプロジェクトの ギズモ （ Gizmo ）をスタートさせた 。
メジャーデビューのオファーを断り、老舗のインディ・レーベル「キッチンウェア・レコーズ」と契約し、 2004年 9月にデビュー。