V únoru 2006 Seether vydali akustické CD/DVD One Cold Night, které bylo nahrané v Grape Street ve Philadelphii.
Také v čísle 1139. časopisu Kerrang! obdržela The Black Parade 4. místo za Nejlepší album roku 2006.
16. června 2006 kapela na svých stránkách zveřejnila, že kapelu opustil kytarista Pat Callahan. Důvod však nezveřejnili. V srpnu téhož roku se frontman Shaun Morgan rozhodl, že půjde do léčebny kvůli alkoholismu. Kvůli tomu museli zrušit své turné s kapelou Staind a Three Days Grace
The Black Parade byla zvolena 20. nejlepší deskou roku.
V roce 2006 vyšlo první album Count Your Blessings .
V časopise Rolling Stone se zařadilo mezi 50. nejlepších alb roku 2006.
Skupina se stala velkou součástí dokumentárního filmu Screamers , který měl premiéru v roce 2006 .
Ještě téhož roku bylo nahráno album The Way of Fist .
v roce 2006 se k nim připojili Matt Snell (bývalý baskytarista) a Ivan Moody.
Tuto informaci prozradili v roce 2006 na DVD Life On The Murder Scene, ale kapela si nepřeje o tom často mluvit.