I november 1998 gik Smashing Pumpkins tilbage i studiet for at

I november 1998 gik Smashing Pumpkins tilbage i studiet for at begynde indspilninger til bandets femte album. En rehabiliteret Jimmy Chamberlin vendte tilbage til bandet efter to og et halvt års fravær, og han sad bag trommerne, da bandet spillede en kort turné ( The Arising! Tour ) i april 1999. Koncerterne på denne turné skulle dog vise sig at blive de sidste med bassist D’arcy Wretzky , da hun forlod bandet i september 1999 efter indspilningerne til albummet var færdige. Hun blev erstattet af Hole -bassisten Melissa Auf der Maur , som spillede bas på den efterfølgende verdensturné ( Resume the Pose Tour og senere The Sacred and Profane Tour ), der startede i december 1999. MACHINA/the Machines of God blev udgivet i februar 2000, men blev heller ikke den store kommercielle succes for Smashing Pumpkins. En efterfølger til albummet, MACHINA II/Friends and Enemies of Modern Music blev udgivet på internettet, og albummets 25 sange kunne downloades gratis på bandets officielle hjemmeside. I maj 2000 offentliggjorde Billy Corgan opløsningen af Smashing Pumpkins, og bandet spillede en fire timer lang afskedskoncert d. 2. december 2000.