gik i studiet med Wu-Tang Clan

Årtusindskiftet så også System of a Down med en række nye sange udgivet på forskellige opsamlingsalbum. Blandt andet indspillede de en coverversion af popgruppens Berlins “The Metro”, og kort tid efter Black Sabbaths “Snowblind” til hyldestalbummet Nativity in Black II . Bandet indgik også samarbejde med andre kunstnere, hvis musikstil lå langt væk fra det velkendte metal-miljø, bl.a. indspillede de sammen med Puff Daddy sangen “Will They Die 4 You?” til Chef Aid: The South Park Album . I et senere interview udtalte Malakian om indspilningen: ” Jeg brød mig faktisk ikke om det vi lavede med Puff Daddy. Det var bare en satirisk CD, og ikke en af de stærkere System sange. Faktisk er det ikke nogen System sang. ” Det vidtgående samarbejde fortsatte da de i september 2000 gik i studiet med Wu-Tang Clan for at genindspille deres gamle sang “Shame”. Malakian udtrykte i et interview med Ny Rock stor begejstring for projektet , yderligere udviklede et utroligt godt venskab sig mellem Odadjian og flere af medlemmerne fra Wu-Tang Clan, som senere førte til sideprojektet Achozen .